Bacillus coagulans の13菌株について16S-23S rDNA ITS領域の塩基配列を詳細に調査した．いずれの菌株もITS-PCRで複数の鎖長の異なる増幅産物を生じ、主要な産物は5種類であった．増幅産物のうち供試全菌株で共通にみられたのは403bpの増幅産物のみであった．

アライメントの結果、増幅産物は7つの部分配列から成り、いずれかの欠失によりバリエーションを生じていた．共通産物である403bp産物の塩基配列に基づき、B. coagulans を特異的に検出あるいは同定可能なPCRプライマーセット101-22F/264-21Rを構築した．